O VLT opera entre Santos e São Vicente sem um protocolo para situações de emergência, como acidentes. Trata-se de um conjunto de procedimentos que normatiza as ações que devem ser tomadas pelas autoridades municipais e estaduais em casos emergenciais.

Após mais de um ano de funcionamento do VLT, a EMTU, órgão estadual responsável pelo sistema, diz que o documento está em análise.

O objetivo do protocolo é dar socorro rápido a possíveis vítimas e normalizar o tráfego do VLT com agilidade após um evento adverso. Em casos mais graves, como colisão, descarrilamento, incêndio, entre outros; bombeiros, polícias, agentes de saúde e de trânsito atuariam de forma integrada.

Embora não seja obrigatório por lei, o protocolo facilita o trabalho de resgate e diminui os riscos para as equipes e pessoas que necessitarem de socorro. O funcionamento do meio de transporte na região sem o protocolo, pode trazer problemas em ocorrências maiores.